El 17 de octubre de 2009, AJA firmó una sociedad con la franquicia estadounidense Rush Soccer . El 18 de octubre de 2009, AJA firmó una asociación con el club Reunión, AS Excelsior . La idea de un acuerdo surgió de una propuesta de Eric Assati , exjugador del AJ Auxerre y responsable de la formación del AS Excelsior. El presupuesto del club siguió la inflación que experimentó el fútbol europeo durante la década de 2000, ya que prácticamente se cuadruplicó entre 1995 y 2010, como se muestra en la siguiente tabla. Anteriormente, a mediados de la década de 2000, era el único club de élite que había optado por la forma jurídica de SAOS (sociedad anónima con fines deportivos). Esto se explica por el hecho de que según Guy Roux, es imposible que la AJA contrate a los mejores sudamericanos, pero también porque cuando estos jugadores regresan al país, los cansa mucho más que los jugadores extranjeros que residen en Europa. La siguiente tabla resume las mayores ventas de jugadores en la historia del club de Borgoña. Apurada permanencia del Gáldar (que en octubre goleó al AV Santa Ana9 por un abultado 8-1) y CE Sabadell: sale del descenso en la última jornada (remontada al Espanyol B38, 3-1, se salva a costa del Ontinyent CF) y se salva al ganar 0-2 en Leganés en el play-off de descenso con goles de Pedro y Álex Ortiz.

Tampoco completa la 1988-89 Javier Clemente, sustituido por Joaquín Peiró, que debía empezar la temporada 1990-91 pero es cesado en agosto; Tomislav Ivić llevará al Atlético a luchar por la Liga, pero de cara a las semifinales de Copa le reemplaza Iselín Santos Ovejero, que ya estuvo en la 1ª jornada de la temporada, y la cierra ganando la Copa del Rey. En cambio, el Barça se renueva con Luís Figo, Robert Prosinečki, Meho Kodro, Gica Popescu y Ángel Cuéllar (que se lesiona gravemente en la 1ª jornada); no queda ninguno de los extranjeros del Dream Team. En la ida, en La Romareda, el 6 de febrero de 1996, se produce empate a uno, con goles de Aguado 28’ y Kluivert 70’. La vuelta, prevista para el 20 de febrero, ha de aplazarse por la lluvia, y se disputa el 28 de febrero, con victoria del Ajax de Amsterdam por 4-0: tras fallar un penalti Frank de Boer, marca Bogarde 40’, más tarde Finidi 52’, y dos goles de Blind de penalti 63’ 67’, en sendas jugadas en que son expulsados Andoni Cedrún y Óscar. Así, desde 2005, el club ha firmado un acuerdo con el club búlgaro, PFC Litex Lovetch, que ha abierto un centro de formación con 150 alumnos, siguiendo los consejos de Daniel Rolland y Bernard Turpin, entrenadores del AJ Auxerre.

Aunque era quinto en la 8ª jornada, el CD Castellón de Luiche no marca goles (cinco 0-0 consecutivos, y una racha de 5 derrotas en que le reemplaza Lucien Muller); aún así, los orelluts ganan 2-0 al Cádiz35 (obra de Dobrowolski y Benito) pero en la última descienden al perder 3-0 en Oviedo38, y lograr el Cádiz CF ganar al Zaragoza con remontada en el tramo final (2-1, marcan Higuera 67’, Dertycia 81’ y Quino 83’), que envía a ambos equipos a la promoción (el primer gol salva a Espanyol y el segundo condena al Castellón). Así, el Congo organizó y ganó la Copa Africana de Naciones juveniles 2007, clasificándose así para la Copa Mundial Sub-20 de la FIFA 2007 . Se excluye de la Copa del Rey a los equipos filiales, por lo que este año participan en total 211 equipos: los 20 de Primera, 19 de Segunda A, 67 de Segunda B y 105 de Tercera. La Copa de Europa continúa su trayectoria, rebautizada como Liga de Campeones, puesto que sigue reservada a los campeones de Liga y el campeón de Europa, que se dividen en dos grupos de cuatro equipos tras superar dos rondas eliminatorias.

Luego, AJA reclutó a cuatro jóvenes congoleños de este centro de formación. Esta inversión permite a AJ Auxerre mejorar sus condiciones de acogida, educación y formación para los jóvenes que asisten al centro de formación. En 2012, tras el descenso de la AJA en la Ligue 2 , las restricciones presupuestarias llevaron al club a disolver la segunda reserva del club que jugaba en CFA 2. Durante la temporada 2012-2013, la reserva Auxerroise descendió en CFA 2 tras 36 años de presencia en CFA. Empieza líder el FC Barcelona B, que debuta con un 2-6 en Getafe1 (hat trick de Christianssen) y gana 8 de los 10 primeros partidos, pero pasa al primer equipo a sus mejores valores (De la Peña, Celades, Roger, Quique Álvarez y Velamazán, la famosa Quinta del Mini), sin ellos los de Quique Costas siguen arriba al ganar 3-1 al Hércules19, pero perderán 9 de los 10 últimos partidos. El Barcelona es el mejor equipo de la segunda vuelta con 30 puntos, en concreto en los últimos 15 partidos logra 13 victorias y 2 empates. Los partidos jugados contra Gueugnon en la División 2 son momentos especiales del año porque en ese momento Gueugnon era un equipo muy fuerte de la División 2. Los partidos entre AJA y JGA Nevers y Fontainebleau nunca fueron considerados derbis.